قشم‌ایر در ابتدای دهه ۹۰ تحت مالکیت هلدینگ سورینت متعلق به بابک زنجانی بود؛ اما در سال ۱۳۹۴ وزارت نفت اعلام کرد قشم‌ایر یکی از دارایی‌هایی است که از مجموعه زنجانی برای تسویه بدهی به شرکت ملی نفت منتقل شده است.

ساختار مالکیتی و مدیریتی قشم‌ایر:

مالک نهایی/حاکمیتی: شرکت ملی نفت ایران / مجموعه وزارت نفت

شرکت واسط و اداره‌کننده دارایی‌ها: توسعه پایدار آسمان کیش

ساختار شرکتی مرتبط: هلدینگ توسعه سورینت قشم

شرکت عملیاتی: هواپیمایی قشم (قشم‌ایر)

ترکیب هیئت‌مدیره قشم‌ایر:
مجید رستمی — رئیس هیئت‌مدیره
مجید اخلاقی — مدیرعامل و نایب‌رئیس هیئت‌مدیره
داوود صادقی — عضو هیئت‌مدیره
ابراهیم طاهرخانی کدخدایی — عضو هیئت‌مدیره
علی لطفی‌نسب — عضو هیئت‌مدیره